Correto, acho que ele deveria fazer isso.
Então, como te disse, eu acredito que não perca, pois quando você pegasse a carta de carro, ela iria ter uma validade X, diferente da carta de moto que já foi expedida e teria a validade Y, em dois documentos separados, por isso que uma não iria dar problema na outra.
Mas como disse, posso estar errado.
Meu, se a auto escola não ajudou, dá um pulo numa Ciretran aí perto e pergunta ou até mesmo, vai em uma delegacia, pode ser que possam te ajudar também.
Eu tentaria buscar qual o batalhão que o tal policial serve e iria falar com o superior dele.