Tá certo sim. O primeiro capacitor é do positivo da bateria ao negativo, o segundo vai da saída regulada 5v ao negativo. O primeiro terminal dos 2 reguladores são ligados juntos ao positivo, o terminal do meio dos 2 tambem juntos ao negativo. Ou seja, cada cor ali indica a ligação das peças.
É estranho ter estourado o capacitor. Talvez tenha invertido a polaridade, a marca no corpo indica o terminal negativo dele.
Uma coisa que não tinha reparado nesse desenho é a tensão do capacitor da entrada. Convem usar um de no mínimo 25v. 16v é muito baixo pro circuito da moto que dá picos de quase 15V, é preciso um capacitor com uma margem maior de tolerancia. Se foi esse da entrada que explodiu e não tava invertido, pode ter sido uma sobrecarga por conta disso.